Le CEDH a été fondé en 1979 à Santo Domingo dans le but d'assurer la défense des réfugiés haïtiens. Il fut enregistré à Puerto Rico comme association sans but lucratif par le Dr. Jean-Claude Bajeux, alors professeur à l'Université de Puerto Rico.

En 1980, l'emprisonnement, à Fort-Allen de plusieurs milliers de "boat-people" (à 100 kms de San Juan, Puerto Rico), à Krome et dans d'autres lieux aux Etats-Unis, fut l'occasion d'une longue lutte légale, sous l'égide du CIRH (Conseil Inter-Régional des Réfugiés Haitiens) organisé à Genève à l'initiative du CEDH.

Cette fuite du peuple haïtien était la conséquence de la crise interne de la dictature. Sous différentes formes, des revendications démocratiques se faisaient entendre pour aboutir finalement, le 7 février 1986, au départ du clan des Duvalier.

Premier exilé politique à rentrer en Haïti, après 23 ans d'exil, le Dr Jean-Claude Bajeux établissait le CEDH à Port-au-Prince à son adresse actuelle rue des Marguerites, au cœur de toutes les luttes et entreprises qui ont jalonné le retour à un état de droit, en particulier le vote de la Constitution du 28 mars 1987.

Le CEDH, au regard de la loi haïtienne, est une Fondation enregistrée officiellement selon Certificat paru au Moniteur, Journal Officiel. Il est dirigé par un Conseil d'administration de 5 membres et par un Directeur Exécutif.

Le CEDH est membre fondateur de Caribbean Rights qui est un groupement de 7 organisations appartenant à sept pays de la Caraïbe dont les bureaux sont établis à la Barbade. Le Dr Jean-Claude Bajeux fut le Chairman de cette organisation pendant trois ans, de 1989 à 1991.